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Der BNF hat den gesetzlichen Auftrag Flächen zu Zwecken des Naturschutzes und der Landschaftspflege zu sichern (Art. 50 Abs.2 Nr. 5 BayNatSchG). Dies kann durch Pacht, Erwerb und sonstige zivilrechtliche Sicherung geschehen. Der BNF macht es sich zur Aufgabe Entwicklung und Erhalt von hochwertigen Lebensraumtypen und Habitatstrukturen auf Stiftungsflächen zum Schutz und zur Förderung der Biodiversität voranzutreiben. Dies dient auch dem Aufbau eines bayernweiten Netzes aus staatlichen und stiftungseigenen Flächen im Management des BNF als Beitrag zum landesweiten Biotopverbund.
Im Flächenmanagement des BNF sind verschiedene Flächenkategorien mit unterschiedlichen Anforderungen und Ausgangszuständen enthalten:
Flächen im Eigentum des Freistaats Bayern, für die aus naturschutzfachlicher Sicht Staatsbedarf besteht, werden vom allgemeinen Staatsvermögen in den Zuständigkeitsbereich des Staatsministeriums für Umwelt und Verbraucherschutz (StMUV) übertragen und sind damit der Naturschutzverwaltung zuzuordnen. 2017 schloss der Bayerischen Naturschutzfonds mit dem StMUV die Vereinbarung, diese Flächen zu verwalten und im Sinne des Stiftungszwecks zu Bewirtschaften. Die Flächen werden in enger Zusammenarbeit mit den Naturschutzbehörden fachlich geprüft und ein Entwicklungsziel festgelegt um einen Fahrplan für die zukünftige Entwicklung zu haben. Wo nötig werden Erhebungen der Flora und Fauna durchgeführt um fundiert Entscheidungen treffen zu können. Seit Beginn der Übertragungsvereinbarung hat sich ein konstanter Flächenzuwachs eingestellt, wodurch der Flächenpool dieser Kategorie bisher auf rund 360 ha in ganz Bayern angewachsen ist (Stand 10.2022).
Die rechtlichen Aufgaben des Bayerischen Naturschutzfonds ermöglichen es auch Eigentümer von Grundstücken zu werden, sofern dies zur Erfüllung seiner Aufgaben nötig wird.
Besteht die Möglichkeit Grundstücke zum Zwecke von Naturschutz und Landschaftspflege zu erwerben, so wird vorrangig geprüft, ob dies auf dem Wege der Ankaufsförderung durch staatliche Förderprojekte oder durch den Bayerischen Naturschutzfonds verwirklicht werden kann. Ist dies nicht möglich und ist eine Sicherung der Fläche aus Sicht des Bayerischen Naturschutzfonds zwingend geboten, so hat der Bayerische Naturschutzfonds die Möglichkeit, diese Flächen aus Stiftungsmitteln zu erwerben. Diese Notwendigkeit besteht oft in schwierigen Fallkonstellationen im Zusammenhang mit naturschutzfachlich sehr hochwertigen Flächen. In dieser Flächenkategorie befinden sich derzeit rund 130 ha (Stand 10.2022).
Möchte eine untere Naturschutzbehörde eine Fläche mit Ersatzgeld ankaufen, das Landratsamt kann jedoch aus bestimmten Gründen nicht selbst Eigentümer der Fläche werden, so kann sich der Bayerische Naturschutzfonds in bestimmten Fällen als Eigentümer zur Verfügung stellen. Diese Flächen werden weiterhin unter Federführung der unteren Naturschutzbehörden aus Ersatzgeld, mit kommunalen Mitteln oder staatlichen Förderprogrammen gepflegt. Diese Ersatzgeldflächen zählen derzeit rund 50 ha (Stand 10.2022).
In Fällen, in denen der Bayerische Naturschutzfonds eine Flächensicherung für nötig hält, die Fläche jedoch nicht zum Erwerb steht und auch anderweitig nicht zu sichern ist, kann der Bayerische Naturschutzfonds in Einzelfällen auch als Pächter auftreten. Voraussetzung dafür ist, dass der Eigentümer für möglichst langen Pachtzeiten sowie weitreichenden naturschutzfachliche Maßnahmen auf der Fläche aufgeschlossen ist. Flächen werden selten vom Bayerischen Naturschutzfonds angepachtet. Es handelt sich hierbei meist um große zusammenhängende Gebiete wie etwa Stillgewässer inklusive der angrenzenden Bereiche. Diese Gebiete umfassen derzeit knapp 390 ha (Stand 10.2022).