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Der BNF hat den gesetzlichen Auftrag Flächen zu Zwecken des Naturschutzes und der Landschaftspflege zu sichern (Art. 50 Abs.2 Nr. 5 BayNatSchG). Dies kann durch Pacht, Erwerb und sonstige zivilrechtliche Sicherung geschehen. Ziel ist es, hochwertige Lebensraumtypen und Habitatstrukturen auf Stiftungsflächen zum Schutz und zur Förderung der Biodiversität zu erhalten und zu entwickeln. Dies dient auch dem Aufbau eines bayernweiten Netzes aus staatlichen und stiftungseigenen Flächen und leistet einen Beitrag zum landesweiten Biotopverbund.
Im Flächenmanagement des BNF sind verschiedene Flächenkategorien mit unterschiedlichen Anforderungen und Ausgangszuständen enthalten:
Flächen im Eigentum des Freistaats Bayern, für die aus naturschutzfachlicher Sicht Staatsbedarf besteht, werden vom allgemeinen Staatsvermögen in den Zuständigkeitsbereich des Staatsministeriums für Umwelt und Verbraucherschutz (StMUV) übertragen und sind damit der Naturschutzverwaltung zuzuordnen. Seit 2017 verwaltet der BNF diese staatlichen Naturschutzflächen und bewirtschaftet sie im Sinne des Stiftungszwecks. In enger Zusammenarbeit mit den Naturschutzbehörden werden sie fachlich geprüft und ein Entwicklungsziel festgelegt. Wo nötig werden Erhebungen der Flora und Fauna durchgeführt um fundiert Entscheidungen treffen zu können.
Die rechtlichen Aufgaben des Bayerischen Naturschutzfonds ermöglichen es auch Eigentümer von Grundstücken zu werden, sofern dies zur Erfüllung seiner Aufgaben nötig wird.
Besteht die Möglichkeit Grundstücke zum Zwecke von Naturschutz und Landschaftspflege zu erwerben, so wird vorrangig geprüft, ob dies auf dem Wege der Ankaufsförderung durch staatliche Förderprojekte oder durch Ankaufsförderung durch den Bayerischen Naturschutzfonds verwirklicht werden kann. Ist dies nicht möglich und eine Sicherung der Fläche aus Sicht des Bayerischen Naturschutzfonds zwingend geboten, so hat der Bayerische Naturschutzfonds die Möglichkeit, diese Flächen aus Stiftungsmitteln zu erwerben. In dieser Flächenkategorie befinden sich derzeit rund 130 ha (Stand 10.2022).
In Fällen, in denen der Bayerische Naturschutzfonds eine Flächensicherung für geboten hält, die Fläche jedoch nicht zum Erwerb steht und auch anderweitig nicht zu sichern ist, kann der Bayerische Naturschutzfonds in Einzelfällen auch als Pächter auftreten. Voraussetzung dafür ist, dass der Eigentümer für möglichst langen Pachtzeiten sowie weitreichenden naturschutzfachliche Maßnahmen auf der Fläche aufgeschlossen ist. Es handelt sich hierbei meist um große zusammenhängende Gebiete wie etwa Stillgewässer inklusive der angrenzenden Bereiche.